بحران فرونشست زمین در شهرستان اصفهان یکی دیگر از بحران های ظهور یافته طی دو سال اخیر در این حوضه می باشد که با توجه به خشک شدن رودخانه زاینده رود و برداشت بی رویه از منابع آبهای زیرزمینی و افت شدید سطح کیفی و کمی منابع آب در دشت های کم آبی مثل دشت مهیار و جرقویه، دشت اصفهان-برخوار، دشت کوهپایه و سجزی و… این بحران از پیش ظهور یافته نسبت به قبل تشدید گردیده است.